Для решения этой проблемы ФНС предлагает представлять уведомление с указанием суммы авансового платежа к уменьшению в виде отрицательного значения (по строке 4).
Конкретные примеры, как отображать отрицательные значения авансовых платежей в уведомлении, можно найти в Письме ФНС России от 10.07.2023 года номер СД-4-3/8716@ "О представлении Уведомлений (КНД 1110355) с отрицательными значениями"
Cсылка на письмо 
Разрешено использование отрицательных значений в уведомлениях для организаций, применяющих упрощенную систему налогообложения
